Nuevas tecnologías de secuenciación mejoran la identificación de patógenos desconocidos en animales y en el medio ambiente o la posibilidad de rastrear síntomas raros en pacientes
Una pandemia causada por un virus ha provocado millones de muertes y ha alterado la vida social y económica de todo el planeta en los últimos dos años y medio. Una de las consecuencias lógicas es que estamos más preocupados que nunca por los microorganismos, aunque esto tiene un efecto perverso: el permanente estado de alarma ante cualquier novedad relacionada con este campo de la salud. Apenas tenemos que ir atrás unos días para encontrar un buen ejemplo. Los medios de comunicación de todo el mundo informaban de que un nuevo patógeno de origen animal denominado Henipavirus lyanga había infectado a 35 personas en China. ¿Había razones para inquietarse?
En realidad, no era una alerta sanitaria, como pudiera parecer por algunos titulares, sino una investigación publicada en ‘New England Journal of Medicine’. Los autores analizaron infecciones respiratorias sin causa conocida y detectaron el nuevo virus en estas 35 personas, que no habían tenido contacto entre ellas, a lo largo de dos años (entre 2019 y 2021). Al parecer, la infección podría provenir de un tipo de musarañas, no hay transmisión conocida entre humanos y no se registraron síntomas graves. Por lo tanto, todo son casos esporádicos y dispersos, no parece que haya ningún brote epidémico de una nueva enfermedad ni motivos para la alarma, más allá de constatar, una vez más, que estamos expuestos a patógenos de origen zoonótico. En definitiva, antes de la pandemia, probablemente este hallazgo no habría sido noticia más allá del ámbito académico, pero ¿esto ocurre con frecuencia? Sí: en los últimos años, los científicos están identificando un número creciente de agentes infecciosos, víricos o bacterianos, que pueden ser potencialmente peligrosos para el ser humano.
Un estudio detecta el virus de la viruela del mono en muestras anales de asintomáticos Europa Press
De hecho, hay ejemplos recientes muy destacados. El año pasado, ‘Nature Medicine’ publicó el hallazgo en China de un nuevo ortonairovirus (de la misma familia que el virus que provoca la fiebre hemorrágica Crimea-Congo), transmitido por garrapatas. También en 2021 se encontró un nuevo picornavirus en monos de Uganda. A finales de 2020, llamaba la atención de los expertos un nuevo tipo de orthoreovirus encontrado en patos por científicos chinos. Todos estos casos y muchos otros, enumerados por el investigador del INIA Miguel Ángel Jiménez Clavero en su cuenta de Twitter (@Virusemergentes) hace unos días, ilustran el mundo en que nos encontramos: repleto de patógenos ocultos en reservorios animales y que en cualquier momento pueden saltar de especie y darnos un susto.
La pregunta es qué está pasando para que la detección de virus y bacterias se haya multiplicado en los últimos años. La primera explicación es más bien técnica: «Tenemos un mayor conocimiento y las pruebas analíticas son más potentes, muchas de ellas en el contexto de programas de vigilancia epidemiológica», afirma en declaraciones a Teknautas Raúl Rivas González, catedrático de microbiología de la Universidad de Salamanca. La capacidad de secuenciación de los genomas se ha multiplicado, un proceso que gracias a los avances tecnológicos cada vez resulta más rápido y barato. En particular, los análisis metagenómicos permiten obtener secuencias del genoma de diferentes microorganismos, analizando su ADN de forma global dentro de una muestra.
«Hace tan solo cinco años no teníamos esta capacidad de secuenciación y las bases de datos son cada vez mayores, así que podemos identificar y clasificar mejor los nuevos virus y bacterias», coincide María del Mar Tomás, experta del Instituto de Investigación Biomédica de A Coruña (Inibic), microbióloga del hospital universitario de esta ciudad y portavoz de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica (Seimc). Según explica, cuando un patógeno ya está secuenciado y sus genomas están en las bases de datos, todo es más fácil, porque se pueden adaptar rápidamente técnicas como la PCR para detectar su ADN y aplicarlas en el contexto clínico para realizar diagnósticos. En cambio, identificar un nuevo microorganismo es un proceso de investigación más complejo, aunque la secuenciación masiva ha facilitado mucho las cosas.
Cómo y dónde buscar
La cuestión es dónde y cómo buscar, pero los científicos tienen claro que los animales silvestres son la principal amenaza. «Cada vez hay más estudios para prevenir y para vigilar algunas especies que pueden ser reservorios de virus conocidos o desconocidos que puedan suponer un peligro para los humanos», apunta el microbiólogo. En particular, hay algunos grupos que están en el punto de mira de los investigadores, como los murciélagos o los roedores. Existen más posibilidades de que los mamíferos puedan transmitir enfermedades a las personas, ya que también lo somos y compartimos muchas características. No obstante, no se pueden descuidar otras vías: por ejemplo, anfibios y reptiles también se han incluido en algunos de los últimos estudios publicados.
«Conocemos muy poco acerca de la gran diversidad de virus que hay y muchos de ellos tendrán capacidad de infectar las células humanas«, advierte Rivas González. Sumando virus, bacterias y hongos, solo se han identificado hasta ahora unos 1.200 microorganismos patógenos para el ser humano. Sin embargo, el pasado mes de enero, un grupo internacional de científicos, entre ellos miembros del CSIC, publicó en ‘Nature’ el hallazgo de más de 100.000 nuevos virus de ARN (como el SARS-CoV-2, del covid) gracias a una nueva herramienta informática que analizó 5,7 millones de muestras biológicas recogidas en todo el mundo durante 15 años. Solo en mamíferos podrían estar circulando unos 300.000, según un estudio predictivo publicado hace casi una década, pero que sigue siendo la referencia para los especialistas. En el caso de las bacterias, las cifras que se manejan son muy superiores.
Probablemente, una gran parte de estos microorganismos que se van detectando pasará desapercibida, pero a otros les pondremos nombre y serán objeto de estudio de la comunidad científica, como al Henipavirus lyanga, especialmente si dan el salto al ser humano. «Cuando aparecen casos con sintomatología que no es atribuible a ningún agente conocido, se hace un seguimiento, se buscan agentes causales de forma retrospectiva, como ha ocurrido en este caso, y pacientes que tengan los mismos síntomas. Si aparece algún patógeno nuevo, podremos rastrear lo que ha ocurrido y prevenir que siga ocurriendo», explica la portavoz de la Seimc.
Muchas de las investigaciones se realizan en el marco de programas específicos, como el Proyecto Viroma Global, una iniciativa mundial a largo plazo que pretende mapear la mayor cantidad de virus zoonóticos que sea posible. «Hay que estar alerta, pero no hay que alarmarse. La idea es evitar una nueva pandemia, ir por delante en lugar de ir por detrás, como nos ocurrió con el covid», comenta la experta. De hecho, «en Asia ya están buscando nuevos virus relacionados con infecciones respiratorias».
En esta búsqueda, hay otros elementos clave, como la ganadería (suministradora de gran parte de los productos que consumimos) o las aguas residuales (que han demostrado su potencial como indicador de la situación del covid durante la pandemia o, más recientemente, para alertar sobre la reaparición de la polio en Nueva York y Londres). Los expertos utilizan el término ‘one health’ (una sola salud) para indicar que todo está conectado: personas, animales y medio ambiente.
Cómo influyen las alteraciones de la naturaleza
En ese sentido, los investigadores advierten de que el incremento en la detección de nuevos virus no solo tiene que ver con una mayor capacidad científica y tecnológica, ya que en la actualidad estamos sometidos a una mayor amenaza por el cambio global que vivimos. «Estamos influyendo de una manera extrema en el medio ambiente. A través de la deforestación o de la extinción de especies, alteramos el equilibrio de hábitats en los que circulan virus de manera natural», señala el catedrático de la Universidad de Salamanca. Si una especie animal está en declive, los virus que la acompañan se van a encontrar con menos individuos a los que poder infectar y, en teoría, «aumentan las probabilidades de que ese virus salte a una nueva especie, buscando su supervivencia».
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Esto explica la existencia de puntos calientes del planeta más propensos a la detección de estos nuevos virus, como Asia. La población de China o de la India crece a tal velocidad que cada vez hay más gente que entra en contacto de forma habitual con animales silvestres a través de la caza ilegal o en los mercados de animales salvajes. «Estamos mezclando en una jaula multitud de especies diferentes que normalmente no interaccionan de forma natural. Sin embargo, en estos entornos entran en contacto con sangre, orina y defecaciones, e intercambian multitud de patógenos. Así, se facilita que un virus pueda infectar a una nueva especie y, además, nosotros estamos ahí. Es evidente que aumentamos las probabilidades de que un nuevo virus se adapte a nuestra especie», explica.
De hecho, recientes estudios parecen confirmar de manera definitiva que el brote inicial del covid comenzó en el mercado chino de Wuhan, tal y como se sospechó desde el principio. Las investigaciones, publicadas en ‘Science’, indican que al menos hubo dos casos en los que el virus saltó de los animales vivos a los humanos que trabajaban o eran clientes de este lugar, en el que se comercializaban ejemplares salvajes, de manera que queda atrás la teoría de que el SARS-CoV-2 pudo salir accidentalmente de un laboratorio.
Fuente: https://www.elconfidencial.com/tecnologia/ciencia/2022-08-22/detectamos-mas-virus-nuevos-peligro_3478228/